国有土地使用权证是只有一层的才能办理吗

不是，只要土地上房屋都是你本人的，就可以办理

办理程序
（1）申请登记。由用地者到市国土资源局地籍股填写土地登记申请书，提交申请人身份证或户口簿和建设用地许可证，建筑许可证，房产证等土地权属来源证明文件。
（2）地籍调查。由国土资源局派人到实地调查，全面核实土地登记申请的内容，计算宗地面积，绘制宗地图。
（3）权属审核。由国土资源局专职人员对申请登记的土地权属性质、用途权属来源、宗地面积等进行审核。
（4）注册登记。填写《土地登记卡》、《土地归户卡》和《土地使用证》。
（5）颁发土地证书。申请人凭身份证和《土地使用登记收件单》，领取《土地使用证》。